9月16日，浙江大學的李蘭娟（Lanjuan Li）院士在《自然》（Nature）雜志上撰寫文章，回復了弗吉尼亞州立聯(lián)邦大學及McGuire VA中心的Jasmohan S. Bajaj對于課題組一項肝硬化研究成果提出的質(zhì)疑。

　　2014年，李蘭娟、鄭樹森（Shusen Zheng）院士以及法國農(nóng)業(yè)科學研究院的S. Dusko Ehrlich教授在Nature雜志上聯(lián)合發(fā)表了一項重要的研究成果：通過分析比較98名肝硬化患者和83名健康對照個體，揭示出了肝硬化腸道微生物的特征。

　　他們構建出了一個參考基因集，其中包括269萬基因，其中36.1%為新基因。定量宏基因組學揭示，患者和健康個體之間75,245個基因的豐度存在差異，可將它們分為66個代表同源細菌物種的組群；其中28個豐富地存在于患者體內(nèi)，38個豐富存在于對照個體中。大多數(shù)(54%)在肝硬化患者體內(nèi)豐富的細菌起源于口腔，表明它們是從口腔侵入到了腸道。

　　通過與2型糖尿病和炎性腸病進行比較，研究人員還揭示出了基因和功能水平上肝硬化的一些特異生物標記物?；?5個生物標記物，他們構建出了高度精確的患者鑒別指標（discrimination index），并在一個獨立的組群中對其進行了驗證。這些以微生物為指標的生物標記物有可能是診斷不同疾病的一個強有力的工具。

　　然而，9月16日Nature雜志上一篇題為“Decompensated cirrhosis and microbiome interpretation”的文章中，Bajaj等對這項研究提出了一些問題。對此，李蘭娟和原Nature論文的合著者們進行了詳細的解答。

　　首先Bajaj等提出，李蘭娟院士報告可通過微生物組分析對肝硬化做出診斷有可能主要歸因于失代償患者(DP)的微生物組改變。為了解決一問題李蘭娟院士稱與同事們測試了用微生物組分析來診斷代償患者(CP)的準確性。結(jié)果證實，兩類患者之間的腸道微生物組改變具有一些高度相似的特征。且這些特征受藥物的影響不大。李蘭娟院士認為，Bajaj無法有效地區(qū)分健康對照和代償患者可能是由于Bajaj借助廣泛采用的編碼16S核糖體RNA的基因提供的分辨率不充足，其仍然是在屬（genus）水平上，而李蘭娟課題組采用的定量宏基因組學達到了種（species）水平。

　　李蘭娟表示，盡管代償患者和失代償患者的腸道微生物組變化之間有相似性，但兩組之間也存在一些差別。Bajaj等正確地指出了研究報告中終末期肝病(MELD)模型中的一個計算錯誤；但校正數(shù)對統(tǒng)計學意義影響不大。

　　此外，李蘭娟及同事們還進一步探究了代償患者與失代償患者之間微生物組改變，在原來66個代表同源細菌物種的基礎上又發(fā)現(xiàn)了13個新的代表同源細菌物種。分析還證實了微生物組的改變與疾病的嚴重程度相關，但卻沒有跡象表明在失代償情況下一種不同的組成物發(fā)生了跳躍式改變——Bajaj認為這會混亂微生物組的分析結(jié)果。

　　李蘭娟院士最后表示，盡管她和同事們贊同Bajaj等所說的應謹慎對待微生物組分析中一些潛在的混淆因素，但卻堅決反對Bajaj等提出的她們報告的并非是與肝硬化相關的腸微生物群的真實差異而是“偶然現(xiàn)象”。李蘭娟指出，微生物組分析或許可以取代當前不適當?shù)呐R床診斷參數(shù)和/或肝臟活組織檢查等侵入性操作來檢測出代償性肝硬化。