(一)治療
等孢子球蟲病是一種自限性疾病，多數(shù)患者蟲體可自行被清除。本病目前尚無特效治療。首選的治療藥物為磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)，成人患者2片/次，4次/d，連服10天后改為2片/次，2次/d，再服用3周。也有人主張磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)2片/次，2次/d，連服5天即可。亦可用呋喃唑酮，100mg/次，4次/d，10天為一個療程;兒童6mg/(kg·d)，分4次服，療程同成人。乙胺嘧啶加磺胺嘧啶、伯氨喹加氯喹等均有一定療效;但甲硝唑、四環(huán)素等似乎無效。
(二)預后
在病原體治療同時，應采取其他對癥治療措施。早期診斷與治療可使絕大多數(shù)患者痊愈，死亡病例極為罕見。